Centralne Projekty Badawcze
- Ziemie polskie pod okupacją 1939–1945 – dr Rafał Sierchuła, mgr Aleksandra Pietrowicz
- Opozycja i opór społeczny w PRL 1956–1989 – prof. dr hab. Krzysztof Brzechczyn, dr hab. Przemysław Zwiernik
- Partia komunistyczna w systemie władzy w Polsce 1944–1989 – dr hab. Elżbieta Wojcieszyk, dr Przemysław Zwiernik
- Władze komunistyczne wobec Kościołów i związków wyznaniowych w Polsce w latach 1944–1989 – dr hab. Elżbieta Wojcieszyk, dr hab. Konrad Białecki
Oddziałowe Projekty Badawcze
- Wielkopolska w latach okupacji – dr Rafał Sierchuła, mgr Aleksandra Pietrowicz
- Wielkopolska w latach 1945 – 1956 – dr hab. Elżbieta Wojcieszyk, dr hab. Konrad Białecki, dr Rafał Sierchuła, dr Przemysław Zwiernik
- Metodologiczne i teoretyczne problemy badania najnowszej historii Polski – prof. dr hab. Krzysztof Brzechczyn
- Powstanie Wielkopolskie – dr hab. Konrad Białecki
W prace badawcze w ramach Oddziałowych Projektów Badawczych zaangażowani są także pracownicy innych pionów IPN oraz naukowcy spoza Instytutu.